DNA微环拓扑性质的Monte Carlo模拟

计算物理 ›› 2009, Vol. 26 ›› Issue (1): 152-158.

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DNA微环拓扑性质的Monte Carlo模拟

刘艳辉^1,3, 胡林^1,2

1. 贵州大学光电子技术与应用省级重点实验室, 贵州贵阳 550025;
2. 贵州大学理学院物理系, 贵州贵阳 550025;
3. 中国科学院理论物理研究所, 北京 100080

收稿日期:2007-10-26 修回日期:2008-04-07 出版日期:2009-01-25 发布日期:2009-01-25
作者简介:刘艳辉(1978-),男,吉林四平,博士生,从事理论生物物理方面的研究,贵州省贵阳市花溪区贵州大学理学院550025.
基金资助:
贵州省省长基金(2006-15);贵州省组织部高层次人才特助基金(2006-008);2007年中国科学院博士生访学基金;贵州大学研究生创新基金(校理工2007022)资助项目

Monte Carlo Simulation on Topology of DNA Minicircles

LIU Yanhui^1,3, HU Lin^1,2

1. The Key Laboratory for Photoelectric Technology and Application of Guizhou Province, Guiyang 550025, China;
2. Physics Department of Guizhou University, Guiyang 550025, China;
3. The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080, China

Received:2007-10-26 Revised:2008-04-07 Online:2009-01-25 Published:2009-01-25

摘要/Abstract

摘要： 基于微环DNA分子柔性铰链机制,利用Monte Carlo模拟研究不同长度微环DNA分子(小于500 basepairs)的构象能及各片断之间的关联性质,给出含有柔性铰链的微环DNA分子直接构象信息和相应的拓扑性质.

关键词: 微环DNA, Monte Carlo模拟, Metropolis选择判据, DNA分子非线性弹性

Abstract: Metropolis-Monte Carlo simulation is made to investigate autocorrelation of conformation energy and tangent vectors of minicircles(less than 500 base pairs) with flexible hinges.Direct conformation information and topology of minicircle containing flexible hinges are demonstrated.It provides powerful support for the existence of flexible hinge.

Key words: DNA minicircle, metropolis-Monte Carlo simulation, flexible hinge

中图分类号:

刘艳辉, 胡林. DNA微环拓扑性质的Monte Carlo模拟[J]. 计算物理, 2009, 26(1): 152-158.

LIU Yanhui, HU Lin. Monte Carlo Simulation on Topology of DNA Minicircles[J]. CHINESE JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS, 2009, 26(1): 152-158.

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DNA微环拓扑性质的Monte Carlo模拟

Monte Carlo Simulation on Topology of DNA Minicircles

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