基于MPI的分子对接并行算法

计算物理 ›› 2008, Vol. 25 ›› Issue (2): 241-246.

基于MPI的分子对接并行算法

常珊, 孔韧, 李春华, 陈慰祖, 王存新

北京工业大学生命科学与生物工程学院, 北京 100022

收稿日期:2006-11-29 修回日期:2007-05-21 出版日期:2008-03-25 发布日期:2008-03-25
作者简介:常珊(1982-),男,湖南岳阳,博士生,从事分子设计与生物物理研究.
基金资助:
国家自然科学基金(30400087,30670497,20773006);北京市自然科学基金(5072002)资助项目

Molecular Docking Parallel Approaches Based on MPI

CHANG Shan, KONG Ren, LI Chunhua, CHEN Weizu, WANG Cunxin

College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100022, China

Received:2006-11-29 Revised:2007-05-21 Online:2008-03-25 Published:2008-03-25

摘要/Abstract

摘要： 基于消息传递接口(Message Passing Interface,MPI),用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改.将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶(Protease)和小分子抑制剂XK263的对接体系,测试了并行程序的加速比和并行效率.结果表明,两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算,尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高.

关键词: 分子对接, 拉马克遗传算法, 消息传递接口

Abstract: Based on message passing interface (MPI), Autodock code is modified by two parallel methods and applied to dock small molecules XK263 to target HIV-1 protease.The acceleration rate and parallel efficiency are tested with different number of nodes. The improved Autodock codes show a satisfied performance during docking process. Particularly, Scheme Ⅱ has advantages in acceleration rate and parallel efficiency.

Key words: molecular docking, Lamarckian genetic algorithm, message passing interface

中图分类号:

Q615
O246

常珊, 孔韧, 李春华, 陈慰祖, 王存新. 基于MPI的分子对接并行算法[J]. 计算物理, 2008, 25(2): 241-246.

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