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极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用
李宇辰, 冯国强, 段莉莉
计算物理
2018, 35 (3):
330-334.
DOI: 10.19596/j.cnki.1001-246x.7752
对人类免疫缺陷病毒（HIV-1）蛋白酶-抑制剂复合物分别在AMBER力场及极化专一性蛋白电荷（PPC）下进行10 ns的分子动力学模拟（MD），并用MM/PBSA方法计算结合自由能.PPC是基于线性标度的量子力学计算的静电势拟合的蛋白质电荷，能够更准确地描述蛋白质所处的静电环境.结果表明：PPC电荷计算的结合自由能比AMBER力场计算的结合自由能更接近实验值.
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