计算物理 ›› 2010, Vol. 27 ›› Issue (4): 548-554.
收稿日期:
2009-04-30
修回日期:
2009-09-04
出版日期:
2010-07-25
发布日期:
2010-07-25
作者简介:
徐骥(1984-),男,江苏扬州,博士生,从事复杂分子体系的微观模拟方面的研究.
基金资助:
XU Ji1,2, GE Wei1, REN Ying1, LI Jinghai1
Received:
2009-04-30
Revised:
2009-09-04
Online:
2010-07-25
Published:
2010-07-25
摘要: 讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald(PME)方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立叶变换、静电热能求解与静电力求解5个部分,并分别分析各部分的GPU实现.此方法已成功用于7个不同大小的生物分子体系的模拟计算,达到了7倍左右的加速.该程序可耦合到现有分子动力学模拟软件中,或作为进一步开发的GPU分子动力学程序的一部分,显著加速传统分子动力学程序.
中图分类号:
徐骥, 葛蔚, 任瑛, 李静海. Particle-Mesh Ewald(PME)算法的GPU加速[J]. 计算物理, 2010, 27(4): 548-554.
XU Ji, GE Wei, REN Ying, LI Jinghai. Implementation of Particle-Mesh Ewald(PME) on Graphics Processing Units[J]. CHINESE JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS, 2010, 27(4): 548-554.
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