二维分子动力学程序(MDP)的并行与优化

doi:10.3969/j.issn.1001-246X.2000.01.032

计算物理 ›› 2000, Vol. 17 ›› Issue (S1): 193-198.DOI: 10.3969/j.issn.1001-246X.2000.01.032

二维分子动力学程序(MDP)的并行与优化

莫则尧, 张景琳

北京应用物理与计算教学研究所计算物理实验室, 北京 100088

收稿日期:1999-08-24 修回日期:1999-09-20 出版日期:2000-12-25 发布日期:2000-12-25
作者简介:莫则尧(197l~),男,瑚南桃江,副研究员,博士,主要从事大规模科学与工程计算中并行算法与并行应用软件的研究,北京8009信箱,100088

PARALLELIZATION AND OPTIMIZATION FOR A TWO DIMENSIONAL MOLECULAR DYNAMICS CODE(MDP)

MO Ze-yao, ZHANG Jing-lin

Laboratory of Computational Physics, Beijing, 100088, P R China

Received:1999-08-24 Revised:1999-09-20 Online:2000-12-25 Published:2000-12-25

摘要/Abstract

摘要： 基于消息传递并行程序设计平台MPI,结合当前微处理器的高性能特征,探讨了二维分子动力学数值模拟程序的优化和并行,且具体应用到高速碰撞物理模型问题。其中,串行优化的性能提高了两倍,并行效率在由 8台高性能微机构成的微机机群上,均大于90%。

关键词: 分子动力学, 优化, 并行计算

Abstract: On the basis of the message passing parallel programming platform MPI,and with the high performance characteristics of contemporary microprocessors,it describes the parallelization and optimization for a two dimensional molecular dynamics code(MDP) to simulate the high speed collision physical model problems.The serial optimization has shown to be of double performance improvements,and the parallel efficiencies being above 90% under the cluster consisted of 8 Pentium-Ⅱ microprocessors.

Key words: molecular dynamics, optimization, parallel computing

中图分类号:

TP301.6
O242

莫则尧, 张景琳. 二维分子动力学程序(MDP)的并行与优化[J]. 计算物理, 2000, 17(S1): 193-198.

MO Ze-yao, ZHANG Jing-lin. PARALLELIZATION AND OPTIMIZATION FOR A TWO DIMENSIONAL MOLECULAR DYNAMICS CODE(MDP)[J]. CHINESE JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS, 2000, 17(S1): 193-198.

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